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摩周湖の水位については、2mほど低下があった(1953)とされる。近年の調査(1973年)でも1.3 m内外の低下が過去にあったと推定されている。しかし、大局的には大きな水位変動があったとはみられない。このような一定の水位を保っているのは、環壁の亀裂を通じて、湖水が漏出していると考えられる。湖の南東方約9kmの道さけ・ますふ化場・虹別事業所(海抜220m)の湧水が、本湖水と関係があるとされている。この湧水量は、毎秒1.5m立方で、波圧水である。また、この種の湧水は、湖の北東10数kmの同ふ化場・斜里事業所、あるいは美留和、川湯駅北側の湧出水も、本湖からの透水とみられている。しかし、虹別事業所の湧出量 1.53m立方毎秒、を年間一定として、摩周湖の流域と、弟子屈の年降水量1.138mm(永年平均、蒸発量を0とする)を用い、湖水量を一定として計算すれば、虹別の年間湧水量は、年降水量の94.2%に当たる。この値は、その他の浸水地の水量から考えると過大で、すべて摩周湖水の参透水とみることはできない。
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